С кон. XVII в. до 1828 г. причт состоял из 1–2 священников, диакона, дьячка и пономаря, 2-го священника к храму приписывали из др. церквей ввиду увеличения числа прихожан, были случаи пребывания 2-го священника на диаконском штатном содержании. В 1828–1896 гг. в храме служили не менее 2 священников (один из них настоятель, обычно в сане протоиерея), в 1896–1919 гг.— 3 штатных священника. Члены причта в дореволюционное время содержались за счет платы за исполнение треб, кружечного сбора и доходов от неприкосновенного капитала, образовавшегося из вкладов прихожан в пользу клира «за вечное поминовение вкладчиков и их сродников», к 1916 г. размер этого капитала составил 33542 р. В нач. 20-х гг. XX в. в штате были заняты только 2 священнические вакансии, к 1927 г. в клире храма числились 4 священника (из них 2 протоиерея). До 1970 г. в соборе служили 5 священников и 2 диакона, затем штат был увеличен, и в наст. время в причт храма входят: настоятель, 7 священников и 4 диакона.
В 1694 г. известен свящ. Богоявленского храма Косма Елисеев, к-рого в 1712 г. сменил Дементий Иванов. В 1729 г. в помощь престарелому о. Дементию был назначен свящ. Василий Михайлов. В 1799 г. в храме служили 2 иерея, диак. Феодор Яковлев и дьячок Сергий Александров. В 1812 г. настоятелем стал свящ. Никита Карпов, к-рого в 1818 г. сменил свящ. Михаил Божанов. В 1822–1827 гг. настоятелем являлся прот. Михаил Знаменский. Сохранились свидетельства о настоятелях храма в 1828–1884 гг.: протоиереях Александре Покровском и Василии Сахарове, свящ. Николае Дмитриевском. С 1876 г. в храме служил видный московский клирик прот. (с 1892) Иоанн Берёзкин, возглавлявший причт храма в 1884–1919 гг. В 1920 г. настоятелем был избран прот. Николай Боголюбский, вскоре ставший одним из лидеров обновленчества. В 1923 г. Боголюбского избрали в обновленческий Высший церковный совет, и его имя с той поры в документах, связанных с Елоховским храмом, не упоминалось.
27 дек. 1924 г. Патриарх Тихон утвердил в должности настоятеля храма свящ. Николая Колчицкого, в 1938 г. митр. Сергий (Страгородский) удостоил о. Николая сана «кафедрального протоиерея». По «Положению о Богоявленском соборе в Москве» 1945 г., настоятель храма возводился в сан протопресвитера, тогда же была учреждена должность соборного сакеллария (ключаря). Протопр. Николай оставался настоятелем Б. с. вплоть до своей кончины, последовавшей 12 янв. 1961 г. С марта по нояб. 1961 г. настоятелем собора временно являлся архиеп. Тульский и Белёвский Пимен (Извеков; впосл. Патриарх Московский). 9 апр. 1962 г. настоятелем был назначен викарий Московской епархии, еп. (с 29 апр. 1962 архиеп.) Можайский Леонид (Поляков), к-рый управлял собором до 4 авг. 1963 г. Новое назначение настоятеля в Б. с. состоялось только в нач. 1965 г., когда в соответствии с указом Патриарха Алексия I соборный причт возглавил прот. Иоанн Соболев, 22 февр. 1973 г. о. Иоанн по болезни вышел за штат, и в тот же день в соответствии с указом Патриарха Пимена настоятелем Б. с. стал прот. Виталий Боровой, управлявший собором до 1978 г. 9 июня 1978 г. настоятелем собора, по возведении в сан протопресвитера, был назначен прот. Матфей Стаднюк, секретарь Патриархов Пимена и Алексия II.
В Б. с. служили известные в правосл. Москве иереи: прот. Петр Голубев (1867–1943), архим. Иеремия (Лебедев; 1885–1953), архим. (впосл. архиеп.) Донат (Щёголев), архим. Зосима (Иджилов; 1864–1961), архим. Сергий (Савельев; 1899–1977), архим. Порфирий (Бараев, в схиме Серафим; 1900–1972), прот. Алексий Дёмин (1888–1983), прот. Александр Акимов (1925–1987), прот. Анатолий Казновецкий (1926–1995), прот. Герасим Иванов и мн. др. Диаконское служение в соборе несли: Патриаршие архидиаконы Георгий Антоненко, Владимир Прокимнов, Стефан Гавшев (1936–1998), протодиаконы Петр Байков (1892–1975), Сергий Громов (1918–1995), Василий Смирнов (1918–1998) и др. В богослужениях свт. Тихона в Богоявленском храме участвовал великий архидиак. Константин Розов, в интронизации Патриарха Алексия I — протодиак. Михаил Холмогоров.